Znaczą powierzchnię Gminy Cekcyn zajmują użytki ekologiczne powołane Rozporządzeniem nr 1/2004 Wojewody Kujawsko – Pomorskiego z dnia 19 stycznia 2004 r. (Dz. Urz. Woj. Kuj. Pom. Nr 8, poz. 76). W przeważającej części obszary ustanowione użytkami ekologicznymi zajmują tereny bagienne. Na terenie Gminy Cekcyn utworzono 155 użytki ekologiczne o łącznej powierzchni około 285,00 ha. Rejestr użytków zamieszczony jest na stronie www.bip.cekcyn.pl zakładka środowisko naturalne.

Nasza gmina jest również bogata w występowanie na jej terenie pomników przyrody. Szczegółowy wykaz pomników przyrody dostępny jest na stronie www.bip.cekcyn.pl w zakładce środowisko naturalne.

Na terenie Gminy Cekcyn utworzony został Rozporządzeniem Nr 14/97 Wojewody Bydgoskiego z dnia 14 kwietnia 1997 r. zespół przyrodniczo – krajobrazowy „Dolina rzeki Ryszki” (Dz. Urz. Woj. Bydg. Nr 16, poz. 79) obejmujący obszar 358,41 ha w tym na terenie Gminy Cekcyn 190,90 ha. Celem ochrony jest dolina rzeki Ryszki, mocno wciętej w równinę sandrową Borów Tucholskich, zróżnicowana pod względem florystyczno – fitosocjologicznym i charakteryzująca się niezwykle malowniczym krajobrazem. Tuż przy dolinie rzeki znajduje się torfowisko wysokie (Ledo – Sphagnetum magellanici). Urody temu obiektowi nadają ekstensywnie użytkowane łąki z licznymi zbiorowiskami turzyc.